伍忠东教授在铁路专用通信技术、网络信息安全理论与技术和智能信息处理等领域开展了大量科学研究工作，开拓创新，积极应用、推广科技成果，并取得良好的经济效益和社会效益。近十年来，参加和主持各类科研项目12项，其中国家级3项、省部级6项；获省部级、校级科技成果奖7项。在网络与信息安全理论和方法研究领域参加国家“八六三”高技术研究发展计划2项、广东省自然科学基金项目1项、广东省自然科学基金重点项目1项、主持深圳市科技计划项目1项；在铁路专用通信技术研究领域参与“DC-6程控调度电话”、“车站专用数字通信机”、“数字程控调度系统”等铁道部科技项目3项，主持“可视调度电话系统方案研究”铁道部青年基金项目1项；在智能信息处理研究领域，参与国家自然科学基金项目1项,发表相关学术论文12篇。其中铁道部科技项目“车站专用数字通信机”于2001年获甘肃省科技进步二等奖；广东省自然科学基金项目“基于免疫机理的入侵检测系统研究”于2004获深圳市科技进步三等奖。“入侵容忍关键技术与应用研究”于2008年获深圳市科技创新奖。